研究方向
欢迎访问内蒙古大学生物信息学实验室，我们的研究方向主要集中于：
计算生物学研究： 在该方向研究中，我们通过整合机器学习方法、特征选择技术和表达组学数据，专注于从基因组序列中识别重要的调控元件，例如增强子、启动子和 TFBSs。 我们已在国际期刊上发表了 20 多篇同行评审论文，其中，K-MID （Amino Acids 2010, 38:859–867）、 KNN-ID（Amino Acids. 2013, 44(2):573-80; Mol Biosyst. 2015 11(3):950-7）、 Protein Block 以及 PseKRAAC 方法首次被开发并广泛应用于生物信息学领域 （Peptides. 2009, 30(10)1788–1793; Plos one, 2015 10(12):e0145541; Bioinformatics. 2017, 33(1):1422-122-1）。
计算基因组学研究： 在该方向研究中，我们专注于不同物种之间基因的密码子优化，优化基因的核苷酸合成，以及基于计算基因组学的调控功能元件的重新设计。 在该领域开发了一套基于生物信息学的外源基因密码子和组织特异性表达调控元件转化方法，并在近年获得两项国家发明专利（专利号：ZL201310344833.5、ZL201410123506.1）。
发育大数据和细胞重编程研究： 对于发育组学，我们主要关注动物胚胎发育和细胞重编程过程的调控机制。 最近，我们成功地进行了基于差异共表达分析的胚胎植入前发育系统比较，并破译了克隆胚胎中基因表达的时空模式（Oncotarget，2016 7（45）：74120-74131；Oncotarget，2017）。 此外，我们也致力于通过计算方法研究转基因对成体干细胞特性和动物发育的影响（BMC Genomics. 2016 17:188; 简要生物信息。 2017 18(4):712-721.），并正在发表一系列高质量的研究。
最新成果
Si Z, Li H, Shang W, Zhao Y, Kong L, Long C, et al. Zuo Y, Feng Z. SpaNCMG: improving spatial domains identification of spatial transcriptomics using neighborhood-complementary mixed-view graph convolutional network. Brief Bioinform. 2024 May 23;25(4):bbae259. doi: 10.1093/bib/bbae259. PMID:38811360. PMCID:PMC11136618. (2024 IF:13.994).
Yang S, Xing J, Liu D, Song Y, Yu H, et al.Xu S,Zuo Y.Review and new insights into the catalytic structural domains of the Fe (ll) and 2-Oxoglutarate families.Int J Biol Macromol.2024 Aug 15:134798.doi: 10.1016/j.ijbiomac.2024.134798.PMID:39153678.(2024 IF:8.2)
Hong Y, Li H, Long C, Liang P, Zhou J, Zuo Y. An increment of diversity method for cell state trajectory inference of time-series scRNA-seq data. Fundamental Research. 2024. (2024 IF:6.2)
Liang Y, Guo Y, Zhai Y, Zhou J, Yang W, Zuo Y. Disease trend analysis platform accurately predicts the occurrence of cervical cancer under mixed diseases. Methods.2024 Aug 5:230:108-115.doi: 10.1016/j.ymeth.2024.07.011.Online ahead of print.PMID:39111721.(2024 IF:4.647)
Li H, Su D, Zhang X, He Y, Luo X, Xiong Y, et al. Zuo Y,Yang L.Machine learning-based prediction of diabetic patients using blood routine data. Methods.2024 Sep:229:156-162.doi: 10.1016/j.ymeth.2024.07.001.Epub 2024 Jul 15.PMID:39019099.(2024 IF:4.647)